邵逸夫数学科学奖：吴文俊 2006年

中国科学院杰出科技成就奖：陈锡康（2004） 程代展（2015）

重要国际奖励：

第三世界科学院数学奖（吴文俊 1992；袁亚湘 2014）

国际Herbrand自动推理杰出成就奖（吴文俊 1997）

国际自动控制联合会大会青年作者奖（郭雷 1993；洪奕光 1999）

马克斯·普朗克研究奖（马志明 1993）

哈林顿—石川质量专家奖（刘源张 2000）

美国质量学会兰卡斯特奖章（ASQ Lancaster Medal）（刘源张 2014）

捷克科学院“数学科学成就”荣誉奖（林群 2001）

国际自动控制联合会（IFAC）杰出贡献奖（陈翰馥 2002；郭雷 2011）

洪堡研究奖（朱力行 1998）

国际IFORS运筹学进展一等奖（章祥荪、崔晋川 1996；陈锡康等 1999）

美国工业与应用数学学会杰出论文奖（The SIAM Outstanding Paper Prizes）（黄飞敏等 2004）

Jr. Walter Scott奖（汪寿阳 2014）

美国工业与应用数学学会SIGEST论文奖（陈鸽、刘志新、郭雷 2014）

美国工业与应用数学学会杰出贡献奖 （袁亚湘 2017）

IEEE控制系统学会Hendrik W. Bode Lecture Prize（郭雷 2019）

TWAS Siwei Cheng Prize of Economics（杨翠红 2019）

亚洲控制协会（ACA）杰出贡献奖（郭雷 2024）