Academy of Mathematics and Systems Science, CAS
Colloquia & Seminars

Speaker:	任仙文研究员，昌平国家实验室
Inviter:	吴凌云研究员
Title:	单细胞分辨率细胞空间关系重构
Language:	Chinese
Time & Venue:	2023.07.28 10:30-11:30 南楼N620
Abstract:	细胞是生命的基本单元。单细胞分辨率的细胞空间关系，对于认识感染、肿瘤等机体损伤发生后人体免疫系统的激活、迁移、调控等过程具有重要意义。然而，目前的单细胞转录组测序数据具有细胞的信息却没有空间信息，空间转录组测序数据具有空间的信息却没有空间信息。我们开发了CSOmap与Redeconve两种算法在单细胞分辨率重构细胞的空间关系。CSOmap旨在利用配体-受体的相互作用从头重构细胞的空间关系，Redeconve利用单细胞测序数据做参考对空间转录组数据进行反卷积，从而实现有监督的空间关系重构。相关算法在新冠肺炎、乙型肝炎、肿瘤等多种疾病上的应用，揭示了新冠肺炎导致不同人轻重症差别的潜在分子细胞机制、乙型肝炎导致不同人免疫耐受免疫活化或康复的潜在机制、胰腺癌免疫浸润的分子特征。