中国科学院数学与系统科学研究院（以下简称“数学院”）成立于1998年12月，是由中科院数学研究所(建于1952年)、应用数学研究所(建于1979年)、系统科学研究所(建于1979年)及计算数学与科学工程计算研究所(建于1995年)四个研究所整合而成。 

　　数学院是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。优势研究领域包括：数论、代数、几何与拓扑，分析数学与数学物理，概率统计，科学计算，运筹与管理科学，系统与控制科学，计算机数学；新兴交叉学科有：算数代数几何，生物信息学，不确定性决策，复杂性科学，复杂网络理论，金融数学，生物统计及其应用，量子信息与量子控制，计算材料科学，知识科学理论，人工智能的数学理论，大数据分析；还有面向国家安全、国民经济、工程技术和生物生态的若干应用数学研究。 

　　数学院新时期的办院方针是：在数学与系统科学领域，面向国际发展前沿，面向国家战略需求，做出原创性、突破性和关键性的重大理论成果与应用成果，造就具有国际重要影响的学术带头人和一批杰出人才。数学院的发展目标是：在数学与系统科学领域内，成为国际上有重要影响的研究中心、培养和造就高级研究人才的著名中心、国民经济和国防建设有关问题研究和咨询的重要中心。 

　　目前，数学院除了下属的四个研究所以外，还有五个中心，分别为中科院数学科学科教融合卓越创新中心、中科院国家数学与交叉科学中心、华罗庚数学科学中心、中科院晨兴数学中心和中科院预测科学研究中心。此外，还有科学与工程计算国家重点实验室、中科院管理决策与信息系统重点实验室、中科院系统控制重点实验室、中科院数学机械化重点实验室，中科院华罗庚数学重点实验室、中科院随机复杂结构与数据科学重点实验室等。 

　　二十年来，数学院荟萃了我国一大批著名数学家和系统科学家。四个研究所的科研人员在理论研究和实际应用方面，为我国数学和系统科学的发展以及国民经济和国防建设做出了重要的贡献不少重要的应用成果受到中央领导和实际部门的充分肯定，显示了数学和系统科学理论在国民经济主战场的作用。此外，2015年，数学院还获得“全国文明单位“等荣誉称号。