[1]    秦元勋. 时间、空间和运动着的物质. 贵阳: 贵州人民出版社,2000. 

　　[2]    秦元勋. 科学探索—秦元勋文选. 北京: 北京教育科学出版社,1994. 

　　[3]    秦元勋主编. 常微分方程青年论文专辑. 北京: 科学出版社,1991. 

　　[4]    秦元勋等. 计算物理概论. 湖南: 湖南科学技术出版社,1991.  

　　[5]    秦元勋. 常微分方程概貌. 上海: 上海科学技术文献出版社,1989. 

　　[6]    秦元勋. 常微分方程所定义的积分曲面. 西安: 西北大学出版社,1985. 

　　[7]    秦元勋主编. 初等几何(上)(下). 贵阳: 贵州人民出版社,1985. 

　　[8]    秦元勋主编著. 计算物理学. 成都: 四川科学技术出版社,1984. 

　　[9]    秦元勋主编. 初等代数. 贵阳: 贵州人民出版社,1983. 

　　[10]   秦元勋等. 运动稳定性理论与应用. 北京:科学出版社,1981. 

　　[11]   秦元勋. 无限的数学. 北京: 北京出版社,1979.  

　　[12]   秦元勋. 空间、时间和运动着的物质. 贵阳: 贵州人民出版社,1979. 

　　[13]   秦元勋等. 倾斜动线形成斜体曲面的研究. 北京: 科技文献出版社,1978. 

　　[14]   秦元勋. 从算术到常微分方程. 湖南: 湖南科学技术出版社,1978. 

　　[15]   秦元勋. 空间与时间. 北京:科学出版社,1973. 

　　[16]   秦元勋. 核装置分析. 核武器研究所. 内部油印,1965. 

　　[17]   秦元勋等. 带有时滞的动力系统的运动稳定性. 北京:科学出版社(第一版), 1963. 北京:科学出版社(第二版),1989. 

　　[18]   秦元勋. 微分方程所定义的积分曲线(上)(下). 北京:科学出版社,1959. 

　　[19]   秦元勋. 运动稳定性的一般问题讲义. 北京: 科学出版社,1958. 

　　[20]   秦元勋. 几何学通论.香港: 香港三联书店(第一版),1949；上海: 上海商务印书馆(第二版),1959；湖南: 湖南科学技术出版社(第三版),1979. 

　　[21]   秦元勋.多项式微分方程的基本定理(续).广西师院学报(自然科学版),2001(01):1-9. 

　　[22]   秦元勋.多项式微分方程的基本定理.广西师院学报(自然科学版),2000(04):1-6. 

　　[23]   秦元勋,李叶明.《三一理论》的最新发展.广西师院学报(自然科学版),2000(02):1-3. 

　　[24]   秦元勋.时间－空间－运动质量的相对论性的绝对论.应用数学和力学,1995(07):573-576. 

　　[25]   秦元勋. Relativistic Absoluteness of Time-Space-Moving Mass.Applied Mathematics and Mechanics(English Edition),1995(07):611-614. 

　　[26]   Zhao, Xiaoqiang, Qin, Yuanxun. On Global General Solutions of Complex Normal Polynomial Systems.Science in China,Ser.A,1993(04):394-407. 

　　[27]   Qin, Yuanxun; Zhao, Huaizhong. Theory of singular points of ordinary differential equations in complex domain.Acta Mathematicae Applicatae Sinica,1992(04):298-317. 

　　[28]   赵晓强,秦元勋.复正规多项式系统的全局通解.中国科学(A辑 数学 物理学 天文学 技术科学),1992(12):1242-1252. 

　　[29]   Qin, Yuanxun. A new invariant quantity of special relativity and the minimal moving mass space-time reference system.Chinese Science Bulletin,1992(01):14-18.  

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　　[31]   秦元勳.狭义相对论的一个新的不变量与最小运动质量空时参考系统.科学通报,1991(16):1201-1204. 

　　[32]   秦元勋.试论应用数学的特征.应用数学和力学,1991(01):61-62. 

　　[33]   Chin, Yuan Shun Problem of mathematical deduction of the existence of black holes. Internat. J. Math. Math. Sci.,1990(1): 171–177. 

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　　[53]   秦元勋.学习H.Poincare′的数学工作、思想方法——纪念“微分方程所定义的积分曲线”发表100周年.西北大学学报(自然科学版),1982(01):1-7. 

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　　[55]   关肇直,秦元勋,苏步青,刘鼎元,吴大任,程极泰,朱永津,刘来福,徐利治,张文修,龚昇,李贤平,王翼,陆文端,任平,张盛开,桂湘云,吴方,梁友栋,常庚哲,李训经,刘永清.应用数学笔谈.自然杂志,1981(05):323-332. 

　　[56]   刘尊全,秦元勋,胡文瑞.自引力场中非定态二维流体力学方程组的数值解.数学物理学报,1981(01):31-42. 

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　　[63]   秦元勋,王联,王慕秋,胡文瑞.星系密度波的非线性不稳定性.科学通报,1979(16):746-750. 

　　[64]   秦元勳,刘尊全,胡文瑞.星系密度波的非线性增长.科学通报,1979(13):606-610. 

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　　[66]   秦元勋.将计算物理学用于犁体曲面设计.粮油加工与食品机械,1977(08):23-25. 

　　[67]   秦元勋.变速条件下的局部瞬时空时对称理论.物理学报,1976(04):355-361. 

　　[68]   秦元勋.爱因斯坦以前的空时理论并不曾依赖于光速,爱因斯坦以后的空时理论将不必依赖于光速.物理,1976(03):184-190. 

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　　[70]   秦元勳.有时滞的系統的无条件稳定性.数学学报,1960(01):125-142. 

　　[71]   Ch？n, Yuan-hsün On differential equations defined on the torus. Sci. Sinica 1959,8: 661-689. 

　　[72]   秦元勳,刘永清,王联.Effect of time-lags on stability of dynamical systems.Science in China,Ser.A,1960(06):719-747. 

　　[73]   秦元勋,刘永清,王联.稳定性理论中的微分方程与微分差分方程的等价性问题.数学学报,1959(03):333-363. 

　　[74]   秦元勋.在平衡点附近dx/dt=P,dy/dt=Q出现三个极限环的例子(P,Q 为二次多项式).数学学报,1959(02):213-226. 

　　[75]   Ch？n, Yuan-hsün; Liu, Ying-ching; Lian, Wang On the equivalence problem of differential equations and difference-differential equations in the theory of stability. Sci. Record (N.S.), 1958,2: 129-133. 

　　[76]   秦元勋.稳定性理论中微分方程与微分差分方程的等价性问题.数学学报,1958(04):457-472. 

　　[77]   秦元勋.环面上的微分方程(Ⅰ).数学学报,1958(03):348-368. 

　　[78]   秦元勋.具有二次代数极限环线之方程.数学学报,1958(01):23-35. 

　　[79]   秦元勛.“数学,它的内容、方法及意义”一书的简要介绍.自然辩证法研究通讯,1957(04):40-41. 

　　[80]   秦元勋.数学中的若干重要概念的哲学分析.自然辩证法研究通讯,1956(00):14-15. 

　　[81]   秦元勳.常微分方程的區域分析理論(Ⅲ).数学学报,1956(03):363-373. 

　　[82]   秦元勳.常微分方程的區域分析理論(Ⅱ).数学学报,1956(02):184-205. 

　　[83]   秦元勳.常微分方程的區域分析理論(Ⅰ).数学学报,1956(01):19-34. 

　　[84]   秦元勋.偶重極限環線.数学学报,1955(02):269-282. 

　　[85]   秦元勳.多重極限環線.数学学报,1955(02):243-252. 

　　[86]   秦元勳.單調接近的半稳定的極限環線.数学学报,1954(04):445-465. 

　　[87]   秦元勳.關於單位圓中單葉函數之係數的幅角.数学学报,1954(01):81-86.