吴文俊2001年因其在拓扑学与数学机械化研究获得首届国家最高科学技术奖。国家主席江泽民他颁奖。  

　　拓扑学是现代数学的主要分支之一，被法国数学家狄多奈称为现代数学的女王。吴文俊在拓扑学领域取得一系列重要工作，其中最著名的是吴示性类与吴示嵌类的引入和吴公式的建立。吴文俊通过提出吴示性类与吴公式将示性类概念从繁化简，从难变易，形成了系统的理论。这一理论的建立使得示性类的计算成为可能，从而导致一系列重大应用与新研究领域的诞生。吴文俊通过提出吴示嵌类，解决了嵌入理论的核心问题，发展了嵌入的统一理论。吴文俊的工作极大地推进了拓扑学的发展，已经成为拓扑学的经典结果。半个世纪以来，在拓扑等学科的研究中一直在发挥着重要作用。  

  数学机械化是吴文俊为数学在信息时代发展提出的一种构思。吴文俊的主要贡献是定理证明与方程组求解的吴方法。吴提出的用计算机证明几何定理的方法，国际上称为吴方法，遵循中国传统数学几何代数化与消去法的思想，与常用的基于逻辑的方法相比显现了无比的优越性，开创了用计算机高效自动解决数学问题的先河。吴的工作改变了几何自动推理研究的面貌，被称为自动推论领域的先驱性工作。吴建立的吴消元法是求解代数与微分方程组最完整的方法之一。这一方法不仅在理论物理、力学、机构学等学科得到成功应用，还被用于曲面造型、机器人机构的位置分析、计算机辅助设计、图像压缩等高科技领域，得到一系列国际领先的成果。