中国科学院数学与系统科学研究院创建于1998年12月，是由中科院数学研究所(建于1952年)、应用数学研究所(建于1979年)、系统科学研究所(建于1979年)及计算数学与科学工程计算研究所(建于1995年)等四个研究所整合而成。全院现有职工521人。

数学与系统科学研究院科研队伍实力雄厚，荟萃了我国许多著名的数学家和系统科学家，目前已形成了一支素质精良、具有很强竞争力的科研人才群体。研究院现有中国科学院院士13人，中国工程院院士1人，第三世界科学院院士8人，国家杰出青年基金获得者47人。

（以上数据截止2023年底）