经过紧张的筹备工作，1998年12月，中国科学院第一个知识创新基地诞生了。

1998年12月22日，中国科学院院长办公会审议通过了“中国科学院数学基地建设方案”，决定组建中国科学院数学与系统科学研究院，明确研究院创新的定位是：建成具有强大持续创新能力的科研基地和高质量的博士生教育基地，成为国际上有影响的研究中心、高层次的学术交流中心、培养高级研究人才的中心以及国民经济有关问题的咨询中心

12月28日，中国科学院数学与系统科学研究院成立大会在北京科技会堂隆重举行。

12月31日，科学院有关领导来院正式宣布了研究院首届领导班子的任命，由杨乐任院长,李福安任党委书记,章祥荪任常务副院长，袁亚湘、刘卓军任副院长。

2014年7月7日，国家科技体制改革和创新体系建设和领导小组第7次会议审议通过了中科院制定的《“率先行动”计划》。在“四个率先”理念引导下，数学与系统科学研究院采取了一系列重大措施，努力追求卓越创新，进入崭新的发展时期。

2014年7月7日，国家科技体制改革和创新体系建设和领导小组第7次会议审议通过了中科院制定的《“率先行动”计划》。在“四个率先”理念引导下，数学与系统科学研究院采取了一系列重大措施，努力追求卓越创新，进入崭新的发展时期。

经过紧张的筹备工作，1998年12月，中国科学院第一个知识创新基地诞生了。

1998年12月22日，中国科学院院长办公会审议通过了“中国科学院数学基地建设方案”，决定组建中国科学院数学与系统科学研究院，明确研究院创新的定位是：建成具有强大持续创新能力的科研基地和高质量的博士生教育基地，成为国际上有影响的研究中心、高层次的学术交流中心、培养高级研究人才的中心以及国民经济有关问题的咨询中心。

2014年7月7日，国家科技体制改革和创新体系建设和领导小组第7次会议审议通过了中科院制定的《“率先行动”计划》。在“四个率先”理念引导下，数学与系统科学研究院采取了一系列重大措施，努力追求卓越创新，进入崭新的发展时期。